Een ander kenmerk van de Kerk van morgen – eigenlijk is het nu al aanwezig – is dat zij gekarakteriseerd wordt door wat Rahner de cryptogame ketterij noemt. Cryptogamie is een neologisme dat hij ontleent aan de plantenkunde. Het is de toestand van een onvruchtbare plant. Zij kan zich niet voorplanten. Het gaat dus over een ketterij die helemaal niet gesystematiseerd is. Zij probeert niet de plaats in te nemen van de leer van de Kerk. Zij plant zich dus niet voort. Ze wordt niet doorgegeven door de ene persoon aan de andere.
De cryptogame ketterij is het rechtstreekse gevolg van het pluralisme van de moderniteit dat de persoonlijke mening van de individuele gelovige privilegieert. Concreet betekent het dat geen enkele gelovige nog kan zeggen dat hij 100% het geloof van de Kerk onderschrijft. Immers, zo stelt Rahner, zelf de meest orthodoxe gelovige maakt in de praktijk een selectie van de inhoud van het geloof en zal de facto bepaalde aspecten van het geloof niet aanhangen, ook al zal hij dit niet uitdrukkelijk zo stellen. Zo denkt Rahner bij voorbeeld aan het ruime stilzwijgen dat thans bestaat rond traditionele onderwerpen als daar zijn het vagevuur, de hel of bepaalde aspecten van de kerkelijke leer inzake seksualiteit.
